Thanh niên đồng tính, song tính, hoán tính, (LGBT), và những người có thói quen tình dục khác, thường bỏ qua các lớp giáo dục giới tính, gồm cả việc thường xuyên vắng mặt trong các cuộc thảo luận về thực hiện tình dục an toàn về tình dục bằng tay, bằng miệng, và tình dục hậu môn, dù có những mức độ nguy cơ khác nhau về các bệnh lây truyền qua đường tình dục của các hành động đó.

Một số người không đồng ý với giáo dục giới tính toàn diện có đề cập hay thảo luận về những hành động đó, họ tin rằng việc đưa thêm các thông tin đó phải bị coi là sự khuyến khích thái độ tình dục đồng tính. Những người ủng hộ nội dung giáo dục trên cho rằng việc loại bỏ các thảo luận về vấn đề đó hay các vấn đề đồng tính luyến ái, song tính, hay hoán tính, những cảm giác cô độc, cô đơn, tội lỗi và xấu hổ cũng như tình trạng suy sụp trở nên tồi tệ hơn với những thanh niên cho rằng mình có thiên hướng tình dục thiểu số, hay cảm thấy không chắc chắn về giới tính của mình. Những người ủng hộ việc đưa các chủ đề LGBT vào trong giáo dục giới tính toàn diện cho rằng thông tin này vẫn hữu ích và có liên quan và làm giảm khả năng tự tử, các bệnh lây truyền qua đường tình dục, và cách ứng xử không tốt hay nổi loạn của các thanh niên đó. Nếu không có những cuộc thảo luận đó, các thanh niên đó trên thực tế buộc phải tiếp tục giấu kín và không có được hướng dẫn để đương đầu với những hấp dẫn đồng giới hay các bạn cùng cộng đồng LGBT của họ.

Những người ủng hộ các chương trình giáo dục giới tính toàn diện cho rằng các chương trình chỉ dạy về kiêng khem (khuyến khích thanh niên kiêng tình dục cho tới hôn nhân) bỏ qua và loại bỏ các thanh niên đồng tính nữ, đồng tính nam, song tính và hoán tính, những người thường không có thể lấy một bạn tình vì các giới hạn pháp luật. Những người ủng hộ giáo dục kiêng khem thường có quan điểm bảo thủ hơn về đồng tính và song tính và phải đối việc chúng được dạy như các khuynh hướng bình thường và có thể chấp nhận, hay được đặt trên cơ sở bình đẳng với hoạt động/quan hệ tình dục khác giới, và vì thế họ thường không coi đây là một vấn đề. Những người ủng hộ các chương trình giáo dục toàn diện cảm thấy rằng nó là một vấn đề lớn bởi nó có thể khiến các thanh niên LGBT thậm chí cảm thấy bị lôi kéo hơn hay hổ thẹn với thiên hướng tình dục của mình.